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tRNA測序

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  •       轉運RNA(tRNA)是一類廣泛存在于生物體內,在肽鏈合成中負責氨基酸轉運的非編碼小RNA分子。最新研究表明,tRNA除參與肽鏈合成外,還參與多種生理病理學過程[1]。不同機體組織與細胞的轉錄組存在明顯差異,且不同mRNA的密碼子使用偏好性不同,使得所需的tRNA庫存在顯著差異。tRNA庫與轉錄組密碼子的匹配度影響著翻譯效率和準確性[2-4]。增殖[5]、分化[5, 6]和凋亡[7]等細胞生理狀態都受到tRNA庫變化的影響。再者,許多研究表明tRNA庫在腫瘤[5, 8-12]、Ⅱ型糖尿病[13]、亨廷頓舞蹈癥[14]以及病毒感染[15]等疾病的發生發展中起著重要的調控作用。全長tRNA分子具有非常穩定的二級結構和高水平的核苷酸修飾(tRNA功能發揮所必須的),這些都會嚴重影響高通量測序文庫構建過程反轉錄酶的全長延伸活性以及核酸序列的比對分析,從而導致常規small RNA建庫方案針對tRNA分子的文庫構建失敗及分析結果的不準確。

          Aksomics在現有新型tRNA測序方案Hydro-tRNAseq (Cell Reports,2017)的基礎上進行了進一步的優化,添加修飾核苷酸的去甲基化處理流程,更為優勢地克服了tRNA測序的各個難點,高檢出率且準確定量各類tRNA分子(圖1)。

    Aksomics基于Illumina高通量測序平臺,為您提供一站式tRNA測序服務,您只需要提供保存完好的total RNA、組織或者細胞樣本,Aksomics的技術人員即可為您完成全部實驗操作,包括文庫構建、高通量測序和數據分析,并且提供直接可用的數據報告及Paper級結果圖表。。

    圖1: Aksomics tRNA測序流程圖



    參考文獻

    [1] Giege R. Toward a more complete view of tRNA biology. Nat Struct Mol Biol 15, 1007-14. (2008), PMID:18836497.
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    [3] Plotkin JB, Kudla G. Synonymous but not the same: the causes and consequences of codon bias. Nat Rev Genet 12, 32-42. (2011), PMID:21102527.
    [4] Shah P, Gilchrist MA. Explaining complex codon usage patterns with selection for translational efficiency, mutation bias, and genetic drift. Proc Natl Acad Sci U S A 108, 10231-6. (2011), PMID:21646514.
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    [7] Mei Y, et al. Apoptotic regulation and tRNA. Protein Cell 1, 795-801. (2010), PMID:21113408.
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    [11] Kushner JP, et al. Elevated methionine-tRNA synthetase activity in human colon cancer. Proc Soc Exp Biol Med 153, 273-6. (1976), PMID:995958.
    [12] Marshall L, et al. Elevated tRNA(iMet) synthesis can drive cell proliferation and oncogenic transformation. Cell 133, 78-89. (2008), PMID:18394991.
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    [14] Girstmair H, et al. Depletion of cognate charged transfer RNA causes translational frameshifting within the expanded CAG stretch in huntingtin. Cell Rep 3, 148-59. (2013), PMID:23352662.
    [15] van Weringh A, et al. HIV-1 modulates the tRNA pool to improve translation efficiency. Mol Biol Evol 28, 1827-34. (2011), PMID:21216840.
    [16]Gogakos T., et al. Characterizing expression and processing of precursor and mature human tRNA by Hydo-tRNAseq and RAP-CLIP. Cell reports 20(6):1463-1475. (2017), PMID:28793268



  • ● 特異性的tRNA測序文庫構建方案,高tRNA檢出率及定量準確性

    ● 優化的tRNA去甲基化修飾流程,進一步提升tRNA檢測分析效率

    ● 全面的tRNA轉錄組參考庫,綜合了所有的權威數據庫

    ● 詳盡的tRNA注釋信息與生物信息學分析

    ● 可直接用于文章發表的高質量圖片

    ● 無縫鏈接Aksomics提供的其它tRNA分析服務平臺,包括tRF&tiRNA-seq, tRF&tiRNA PCR array, tRNA Repertoire PCR array, tRNA Modification Enzymes PCR Array與LC-MS based tRNA Mod-ification analysis.


  • Aksomics數據分析結果展示 

    基本數據分析結果展示
    1. tRNA表達定量

          Aksomics利用Arraystar獨有的tRNA數據分析流程,提供信息全面的數據集(圖2)。除各tRNA表達量外,還額外提供有tRNA數據庫來源、基因組位置、堿基序列和二級結構等相關信息,更好地為客戶后續科研助力。


    圖2:全面的tRNA測序結果數據集




    1.2 tRNA差異表達分析
          分析tRNA表達譜,挖掘差異表達tRNA分子;通過Heatmap、Scatter Diagram、Volcano Plot等統計圖形能夠清晰明確的展示樣本之間的tRNA表達差異性(圖3)。


    圖3:tRNA差異表達Scatter Diagram和Volcano Plot示例。