三分排列3

T-UCR芯片

  • 簡介
  • 芯片特點
  • SCI成果
  •        人,小鼠和大鼠基因組中存在481個完全相同超高保守區域(UCR), T-UCR是一類由這些超高保守區域轉錄出來的長鏈非編碼RNA。T-UCR并不翻譯成蛋白,是一類特殊的長鏈非編碼RNA(LncRNA)。大部分T-UCR的功能仍然未知,但其高度保守性及其在多種組織中的大量表達表明了其在生物功能中的重要作用。

           T-UCR的表達類型與表達量變化已被證明與人類癌癥的生存率息息相關,包括慢性淋巴細胞白血病,結腸癌,原發性肝癌以及神經細胞瘤等。此外,研究顯示某些T-UCR,特別是uc.73和uc.338能夠作為癌基因啟動癌細胞的大量生長。因此,T-UCR可作為癌癥診斷和預后的標記物,并成為癌癥治療的潛在靶點。

           Arraystar公司作為LncRNA研究先驅,全球首推人T-UCR芯片。最新推出的這款芯片不僅可以檢測T-UCR的表達情況,還能檢測UCR及其附近區域的RNA轉錄本,幫助您發現新的T-UCR。

    Aksomics(康成生物)為您提供一站式T-UCR芯片技術服務,您只需要提供保存完好的組織或細胞標本,Aksomics的芯片技術服務人員就可為您完成全部實驗操作,并提供完整的實驗報告。

    Arraystar 人T-UCR芯片參數:

  • ● 全面可靠的數據來源,收錄目前最新的轉錄組數據庫預測的153條潛在T-UCRs

    ● 獨特的60nt tiling探針設計,全面覆蓋481個UCRs及上下游1kb區域,滿足研究者檢測已知T-UCR和發現新T-UCR的需要

    ● 準確檢測UCR及其附近區域的RNA轉錄本,有助于發現T-UCR對附近蛋白編碼基因的調控關系

    ● 根據疾病關聯的基因區域對T-UCR進行分類和注釋,讓您輕松探索疾病標志物


    1. 準確檢測潛在T-UCR

           T-UCR可在人多種組織中表達[2],但其表達模式仍然未知。為幫助研究者更準確地研究T-UCR的功能,Arraystar Human T-UCR Microarray收錄權威數據庫如RefSeq,UCSC,Ensembl預測的153條潛在T-UCRs。可靠的數據來源確保對T-UCR最新最全面的覆蓋。同時我們采用了“轉錄本特異”的探針設計,識別外顯子和剪接位點,可以準確檢測由一條原始轉錄本經可變剪切而產生的多個可變剪切異構體(Figure 1)。

     


    2. 獨特探針設計,發現新的T-UCR

           Arraystar Human T-UCR Microarray不僅能準確檢測潛在T-UCR,還能助您發現新的T-UCR!數萬探針(60nt tiling探針設計,間隔40nt),覆蓋全部481個UCRs及上下游1kb區域(figure2),滿足您發現新T-UCR的需要。

     


    3. UCR相關轉錄本研究

           一些T-UCR存在于mRNA/LncRNA中,并且在它們的轉錄后調控中起著重要作用,比如可變剪切和mRNA加工。為了揭示T-UCR與這些RNA轉錄本之間的潛在功能聯系,Arraystar T-UCR芯片還對UCR區域的1518條LncRNA和2261條mRNA的表達情況進行檢測,并區分正義鏈和反義鏈(Figure 3)。

           此外,一些T-UCR存在于基因間,作為遠端調控或組織特異性增強子從而影響到鄰近的蛋白編碼基因的表達。為了研究這些mRNA,Arraystar T-UCR芯片采用“轉錄本特異”的探針設計,可以檢測到1809條UCR附近500kb區域的蛋白編碼轉錄本。這些特異性探針的設計,和潛在T-UCR探針一樣,可以準確檢測由一條原始轉錄本經可變剪切而產生的多個可變剪切異構體(figure 1)。

     


    4. 結果助您前行

           481個UCR區域最初是由Bejerano等[2]從人類基因組hg17版總結而來。Arraystar已經根據最新的hg19版對其進行更新。我們還將這些T-UCR重新分為三組:外顯子區,內含子區以及基因間隔區。更新后的分組有助于明確T-UCR的功能。最后我們還對位于兩類疾病相關區域(與癌癥關聯的基因區域CAGR以及脆性位點FRA)的T-UCR進行了詳細注釋,讓您可根據T-UCR結果尋找疾病診斷和預后的生物標志物,并探索疾病治療的潛在靶點(Table 1)。

     


  • → Noncoding Transcribed Ultraconserved Region (T-UCR) uc.261 Participates in Intestinal Mucosa Barrier Damage in Crohn's Disease. Inflammatory Bowel Diseases. 2016