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超級增強子lncRNA芯片

  • 簡介
  • 芯片特點
  • 數據庫
  • 實驗流程
  •        超級增強子lncRNA(SE-lncRNA)是一類由超級增強子區域轉錄而來的lncRNA。該lncRNA與超級增強子一起,調控特定細胞譜系發育和身份決定過程中的基因表達。SE-lncRNA與多種疾病有關,許多病理性表型都伴隨著SE-lncRNA表達水平的顯著變化[1-3]。SE-lncRNA表達水平檢測對于研究超級增強子活性、功能機制和疾病相關性都十分必需。Arraystar公司開發了市場上首款SE-lncRNA芯片,可同時對SE-lncRNA以及受其調控的編碼基因進行全面、系統的表達檢測。Arraystar SE-lncRNA芯片目前包含人和小鼠兩個版本。

    Aksomics(康成生物)是Arraystar中國區唯一代理商,獨家為您提供Arraystar公司超級增強子lncRNA芯片全程一站式技術服務。您只需要提供保存完好的組織或細胞標本,Aksomics的芯片技術服務人員就可為您完成全部實驗操作,并提供完整的實驗報告。同時,根據您的研究需要,Aksomics還提供各種深入數據挖掘服務。

    服務 芯片 規格 描述
    Human SE-lncRNA 芯片服務 Arraystar Human SE-lncRNA Microarray 8 * 15K SE-lncRNAs (7753)+ mRNAs (7040)
    Mouse SE-lncRNA芯片服務


    Arraystar Mouse SE-lncRNA Microarray 8 * 15K SE-lncRNAs (8222) + mRNAs (6385)

    參考文獻

    1. Bradner JE, Hnisz D, Young RA: Transcriptional Addiction in Cancer. Cell 2017, 168(4):629-643.[PMID: 28187285]

    2. Alvarez-Dominguez JR, Knoll M, Gromatzky AA, Lodish HF: The Super-Enhancer-Derived alncRNA-EC7/Bloodlinc Potentiates Red Blood Cell Development in trans. Cell Rep 2017, 19(12):2503-2514.[PMID: 28636939]

    3. Xiang JF et al: Human colorectal cancer-specific CCAT1-L lncRNA regulates long-range chromatin interactions at the MYC locus. Cell Res 2014, 24(5):513-531.[PMID: 24662484]

    4. Vucicevic D et al: Long ncRNA expression associates with tissue-specific enhancers. Cell Cycle 2015, 14(2):253-260.[PMID: 25607649]

    5. Hon CC et al: An atlas of human long non-coding RNAs with accurate 5' ends. Nature 2017, 543(7644):199-204.[PMID: 28241135]

    6. Soibam B: Super-lncRNAs: identification of lncRNAs that target super-enhancers via RNA:DNA:DNA triplex formation. RNA 2017, 23(11):1729-1742.[PMID: 28839111]

  • 強大而可靠的SE-lncRNA收集與鑒定方法

        ● lncRNA信息來自Arraystar公司所專有的高質量的轉錄組與lncRNA數據庫

            - 收集整理了Refseq, UCSC knownGene, GENCODE, lncRNAdb, RNAdb, NRED和lncRNA Catalogs等權威數據庫中的lncRNA

            - 收集了注釋完善、經過實驗驗證和有Pubmed索引的“金標準”lncRNA

            - 手動收集了權威期刊上新出現的lncRNA

        ● 超級增強子區域信息來自dbSUPER數據庫

        ● Mapping到超級增強子區域的lncRNA被鑒定為SE-lncRNA

    圖1.Arraystar SE-lncRNA芯片內容收集流程圖


    一塊芯片同時檢測SE-lncRNA及其靶基因的表達水平,可直觀、精確的找到二者之間的調控關系

    針對特定的外顯子或剪接區域設計探針,特異性的區分SE-lncRNA的不同isoform(圖2)

    靈敏度高,可檢測到細胞中的單拷貝轉錄本

    圖2.探針#2可特異性的檢測isoform CCAT1-L


    提供超級增強子、超級增強子lncRNA與其靶基因的詳盡注釋信息


    圖3.SE-lncRNA注釋信息示例




  • 人SE-lncRNA芯片參數


    探針總數 14873
    探針長度 60 nt
    探針挑選策略 挑選針對SE-lncRNA特異外顯子或剪接位點的探針
    探針特異性 轉錄本特異性
    標記方法 使用高效的線性擴增方法來產生熒光標記的cRNA,靈敏檢測低拷貝轉錄本
    SE-lncRNAs & Super-lncRNAs檢測數目 7753
    SE-lncRNAs靶基因檢測數目 7040
    SE-lncRNAs來源 - 從Arraystar專有的轉錄組數據庫挑選“金標準”lncRNA和可靠性高的lncRNA,然后與dbSUPER數據庫中的超級增強子區域進行匹配。與超級增強子區域重疊的lncRNA被鑒定為SE-lncRNA。 - 從文獻[4, 5]收集增強子lncRNA,若該增強子位于超級增強子區,則被認為是SE-lncRNA。
    Super-lncRNAs 來源 Super-lncRNA是指與超級增強子區域形成RNA:DNA:DNA三螺旋的lncRNA,可招募調控因子至超級增強子區,從而影響染色體結構,并作為空間放大器,促進超級增強子相關的組織特異性基因表達。主要收集于文獻[6]。
    SE-lncRNA靶基因來源 與SE-lncRNA基因組位置重疊或在其轉錄起始位點50 Kb以內的Refseq基因被收集為SE-lncRNA靶基因。這些基因還包含了來自TF checkpoint數據庫中的3153個轉錄因子基因與來自Bushman Lab數據庫中的1448個癌癥相關基因。
    芯片規格 8 * 15K

    圖4.Arraystar公司人SE-lncRNA芯片內容。


    小鼠SE-lncRNA芯片參數

    探針總數 14637
    探針長度 60 nt
    探針挑選策略 挑選針對SE-lncRNA特異外顯子或剪接位點的探針
    探針特異性 轉錄本特異性
    標記方法 使用高效的線性擴增方法來產生熒光標記的cRNA,靈敏檢測低拷貝轉錄本
    SE-lncRNAs檢測數目 8222
    SE-lncRNAs靶基因檢測數目 6385
    SE-lncRNAs來源 從Arraystar專有的轉錄組數據庫挑選“金標準”lncRNA和可靠性高的lncRNA,然后與dbSUPER數據庫中的超級增強子區域進行匹配。與超級增強子區域重疊的lncRNA被鑒定為SE-lncRNA。
    SE-lncRNA靶基因來源 與SE-lncRNA基因組位置重疊或在其轉錄起始位點50 Kb以內的Refseq基因被收集為SE-lncRNA靶基因。這些基因還包含了來自TF checkpoint數據庫中的2883個轉錄因子基因與來自SBCDDB數據庫中的593個癌癥相關基因。
    芯片規格 8 * 15K

    圖5.Arraystar公司小鼠SE-lncRNA芯片內容。


  • 1.樣品總RNA抽提

           若實驗對象為組織樣品,取適量(50-100mg)新鮮組織樣品或正確保存的組織樣品,加1ml的RNA抽提試劑Trizol(Invitrogen),勻漿后抽提RNA。
           若實驗對象為細胞樣品,每份樣品取1×106~1×107細胞,完全吸去培養液后加1ml的RNA抽提試劑Trizol(Invitrogen),裂解后抽提RNA。
    2. RNA質量檢測
           使用Nanodrop測定RNA在分光光度計260nm、280nm和230nm的吸收值,以計算濃度并評估純度。

           使用甲醛變性瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA純度及完整性
    3. cDNA樣品合成和cRNA標記
    4.標記效率質量檢測
           使用Nanodrop檢測熒光標記效率,以保證后續芯片實驗結果的可靠性。
    5.芯片雜交
           在標準條件下將標記好的探針和高密度芯片進行雜交。
    6.圖像采集和數據分析
           使用GenePix 4000B芯片掃描儀掃描芯片的熒光強度,并將實驗結果轉換成數字型數據保存,使用配套軟件對原始數據進行分析運算。
    7.提供實驗報告
           芯片掃描圖
           實驗方法中英文報告
           RNA質檢報告
           芯片數據結果報告,包括差異表達SE-LncRNA列表,差異表達基因列表