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RNA m6A甲基化測序

  • 簡介
  • 服務特點
  • 實驗流程
  • 結果展示
  • ???????m6A(N6-methyladenosine,6-甲基腺嘌呤)是真核生物mRNA內部序列中最常見的一種甲基化修飾,同時可以功能性的調節真核生物的轉錄組從而影響mRNA的剪接、出核、定位、翻譯和穩定。m6A RNA出現在多種重要的細胞生命過程中,意味著mRNA甲基化參與了多種生物學過程,如干細胞分化、生物節律等,同時也參與了多種疾病的發生,包括腫瘤、肥胖和不育等。


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    圖1:m6A甲基化和去甲基化示意圖


    ???????目前對m6A的轉錄組研究方法為MeRIP-seq(mRNA甲基化測序)的方法,其原理是通過m6A特異性抗體對細胞內具有m6A修飾的RNA片段進行免疫共沉淀,將富集下來的RNA片段進行高通量測序。結合生物信息學分析,即可在轉錄組范圍內對m6A修飾進行系統研究。

  • 靈活度高:能夠直接對任意物種的轉錄組高甲基化片段進行測序,無需已知的基因組序列信息。
    檢測范圍廣:覆蓋整個轉錄組范圍的甲基化區域。
    精確度高:能夠在實際結合位點100-200個堿基范圍內精確定位。
    數字化信號:直接對甲基化片段進行定量和測序,不存在傳統芯片雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應和背景噪音問題。

  •   2MeRIP-seq實驗流程圖 


  • 1.m6A甲基化峰分析


      

    表1:m6A甲基化譜數據列表


    2.m6A甲基化峰注釋
           利用最新的RefSeq數據庫,對peak所在位置進行注釋,統計不同轉錄本區域出現peaks的次數。

     

    圖3:m6A甲基化峰分布圖


    3. m6A甲基化峰的可視化

           m6A甲基化測序結果中的wig文件能夠上傳到基因組瀏覽器中,以便進行m6A信號區域的可視化。

    圖4:可視化分析