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LncPath芯片

  • 簡介
  • 芯片特點
  • 實驗流程
  • 研究思路
  • SCI成果
  •       長鏈非編碼RNA (LncRNA)是一類轉錄本長度超過200nt的RNA,它們本身并不編碼蛋白,而是以RNA的形式在多種層面上(表觀遺傳調控、轉錄調控以及轉錄后調控等)調控基因的表達水平。近年來的研究表明:LncRNA廣泛參與各種信號通路,LncRNA的異常表達與包括癌癥在內的多種疾病密切相關。迄今為止,研究得比較透徹的LncRNA還很少,超過99%的LncRNA的功能和調控機制尚不清楚。為了促進LncRNA的研究,Arraystar公司開發了LncPathTM疾病/信號通路特異性LncRNA芯片。LncPathTM芯片可以同時檢測與特定疾病或信號通路相關的LncRNA以及相應的靶基因,幫助客戶快速的將LncRNA的調控機制與其在特定的信號通路或疾病中的生物學功能聯系起來。

    Aksomics(康成生物)Arraystar公司中國地區唯一代理商,為您提供一站式LncPathTM芯片技術服務,您只需要提供保存完好的組織或細胞標本,Aksomics的芯片技術服務人員就可為您完成全部實驗操作,并提供完整的實驗報告。

    LncPathTM疾病/信號通路特異性LncRNA芯片產品列表


  • 1. 對疾病/信號通路特異性LncRNA可靠的收集
           LncPathTM芯片通過整合權威數據庫,經典文獻和Arraystar LncRNA數據庫等資源,對疾病/信號通路特異性的LncRNA進行了全面,可靠的收集,涵蓋的LncRNA主要有:1)疾病/信號通路特異性蛋白編碼基因的鄰近LncRNAs;2) 疾病/信號通路特異性蛋白編碼基因的長鏈非編碼ceRNAs;3) 已知的與特定疾病或信號通路相關的LncRNAs。

      
    圖1. LncPathTM芯片的LncRNA收集流程。


    2. 快速的建立LncRNA調控機制與其生物學功能之間的聯系

           LncPathTM芯片可以同時檢測與特定疾病或信號通路相關的LncRNA以及相應的靶基因,并且對LncRNA和靶基因的關系進行了詳細的注釋,能夠幫助客戶快速的將LncRNA的調控機制與其在特定的信號通路或疾病中的生物學功能聯系起來。

      
    圖2.通過LncPathTM芯片建立LncRNA的調控機制與其生物學功能之間的聯系。


    3. 圖形化的展示LncRNA及其靶基因的信息
           LncPathTM芯片提供LncRNA及其靶基因信息的圖形化展示,通過圖形化展示客戶可以迅速了解LncRNA及其靶基因的關系(圖3),方便后續的機制和功能研究,這些圖形化展示結果都可以通過Arraystar網站免費獲得。

      
    圖3.可能調控WNT信號通路中的關鍵基因CCND2的LncRNAs詳細信息。


    4. 創新性的探針設計
           LncPathTM芯片采用了創新性的探針設計:針對每個LncRNA設計轉錄本特異的LncRNA探針,保證對LncRNA的準確檢測。針對每個蛋白編碼基因設計兩種探針:基因探針和轉錄本特異性探針。基因探針用于檢測基因水平的表達情況,它的信號可以用來表征鄰近LncRNA或其它LncRNA通過轉錄調控機制對此蛋白編碼基因的影響。轉錄本特異性探針用于檢測此基因的經典轉錄本的表達,它的信號可以用來表征長鏈非編碼ceRNA或其它LncRNA通過轉錄后調控機制對此蛋白編碼基因的影響(圖4)。

     

    圖4. LncRNA探針:轉錄本特異性探針,可以準確的檢測LncRNA


    基因探針:用于檢測蛋白編碼基因在基因水平的表達情況。它的信號可以用來表征鄰近LncRNA或其它LncRNA通過轉錄調控機制對此蛋白編碼基因的影響。
    轉錄本特異性探針:用于檢測蛋白編碼基因在轉錄本水平的表達情況。它的信號可以用來表征長鏈非編碼ceRNA或其它LncRNA通過轉錄后調控機制對此蛋白編碼基因的影響。


    5. 高效、穩定的標記系統
           LncPathTM芯片采用了一種高效,靈活的標記系統(圖5)。這種標記方法不但可以同時標記帶PolyA尾巴和不帶PolyA尾巴的轉錄本,還可以極大的增加低豐度RNA和降解RNA的cRNA產率,靈敏度比常規標記方法高100倍以上。


     圖5.高效,靈活的標記系統。


    6. 可靠的芯片性能
           高靈敏度:能準確檢測跨域5個數量級的低豐度RNA(圖6)

     

    圖6. LncPathTM芯片具有跨越超過5個數量級的檢測范圍。橫軸代表Spike-in濃度的log值,縱軸表示Spike-in芯片信號(log2轉化后)。


    7. 高重復性:Arraystar circRNA芯片實驗的技術重復組之間具有很好的相關性(R2>0.9)(圖7)

     

    圖7. LncPathTM芯片技術重復間的散點圖。分別用同樣的樣品在不同兩天進行芯片標記和雜交反應,并根據芯片信號做出散點圖,從圖中可以看出:芯片間的相關性非常高(R2>0.9),說明LncPathTM芯片平臺重復性很好,非常穩定。

  • 1.樣品總RNA抽提

           若實驗對象為組織樣品,取適量(50-100mg)新鮮組織樣品或正確保存的組織樣品,加1ml的RNA抽提試劑Trizol(Invitrogen),勻漿后抽提RNA。

           若實驗對象為細胞樣品,每份樣品取1×106~1×107細胞,完全吸去培養液后加1ml的RNA抽提試劑Trizol(Invitrogen),裂解后抽提RNA。

    2. RNA質量檢測

           使用Nanodrop測定RNA在分光光度計260nm、280nm和230nm的吸收值,以計算濃度并評估純度。

           使用甲醛變性瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA純度及完整性

    3.加入Spike-in內參

    4. cDNA樣品合成和標記

    5.標記效率質量檢測

           使用Nanodrop檢測熒光標記效率,以保證后續芯片實驗結果的可靠性。

    6.芯片雜交

           在標準條件下將標記好的探針和高密度芯片進行雜交。

    7.圖像采集和數據分析

           使用GenePix 4000B芯片掃描儀掃描芯片的熒光強度,并將實驗結果轉換成數字型數據保存,使用配套軟件對原始數據進行分析運算。

    8.提供實驗報告

           芯片掃描圖

           實驗方法中英文報告

           RNA質檢報告

           芯片數據結果報告,包括差異表達LncRNA列表,差異表達基因列表,差異LncRNA與相應靶基因的詳細注釋

  • →  circRNA_100290 plays a role in oral cancer by functioning as a sponge of the miR-29 family. Oncogene. 2017

    →  Detection and Analysis of Wnt Pathway Related lncRNAs Expression Profile in Lung Adenocarcinoma. Pathology & Oncology Research. 2016

    →  Aberrantly expressed long noncoding RNAs are involved in sevoflurane-induced developing hippocampal neuronal apoptosis: a microarray related study. Metabolic Brain Disease. 2016