三分排列3

nrStar? ncRNA PCR芯片

  • tRNA PCR芯片服務
  • tRF&tiRNA PCR芯片服務
  • Functional LncRNA PCR芯片服務
  • snoRNA PCR芯片服務
  •        轉運RNA (tRNA) 是生物體內分布最廣泛、含量最豐富的非編碼小RNA分子。它攜帶并轉運氨基酸,參與蛋白翻譯,是連接mRNA與蛋白質的重要橋梁。細胞增殖、分化和凋亡等一系列生物學過程都伴隨著tRNA水平的變化。反之,tRNA表達譜的改變也會影響細胞發育過程中的命運抉擇。表達失調的tRNA可以促進腫瘤的發生和癌癥進程。另外,許多其它疾病比如II型糖尿病、亨廷頓癥以及HIV感染都出現了tRNA表達與分布紊亂。tRNA研究已逐漸成為生物學過程和疾病研究的重要組成部分。

           美國Arraystar公司是非編碼RNA研究最優秀的產品服務提供商。Arraystar nrStarTM tRNA PCR Arrays(H/M)可分別檢測185個人或小鼠的tRNA,覆蓋了GtRNAdb數據庫中所有的細胞核反密碼子isoacceptors (運載相同氨基酸但反密碼子不同的tRNA互稱為isoaccepetor),提供isoacceptor和isodecoder(反密碼子相同但軀干序列不同的tRNA之間互稱為isodecoder)兩種層面上的表達檢測。 
            tRNA存在種類繁多的修飾,對其發揮功能十分關鍵。然而,這些修飾尤其是甲基化修飾會嚴重阻礙反轉錄的進行,導致cDNA合成終止或堿基錯配。為此,Arraystar專門開發了針對tRNA的反轉錄試劑盒 (rtStar? tRNA-optimized First-Strand Synthesis Kit)。該試劑盒采用了一種高效的RNA去甲基化酶,能夠有效地去除tRNA上的甲基化修飾,極大地提高cDNA合成質量。與此試劑盒組合使用,研究人員能夠獲得更為真實可靠的tRNA表達變化,為研究蛋白質組或tRNA來源片段(tRFs)提供重要信息。


    nrStar? tRNA PCR 芯片產品列表

    服務 芯片 規格 描述
    nrStar? Human tRNA PCR芯片技術服務 nrStar? Human tRNA Repertoire PCR芯片V2.0 384-well (2*192) / plate 可檢測185個人tRNA,覆蓋了GtRNAdb數據庫中所有的細胞核反密碼子isoacceptors,提供isoacceptor和isodecoder兩種層面上的表達檢測。
    nrStar? Mouse tRNA  PCR芯片技術服務 nrStar? Mouse tRNA PCR芯片


    384-well (2*192) / plate 可檢測185個小鼠的tRNA,覆蓋了GtRNAdb數據庫中所有的細胞核反密碼子isoacceptors,提供isoacceptor和isodecoder兩種層面上的表達檢測。

    芯片特點
    ● 囊括GtRNAdb和tRNAdb數據庫中所有的細胞核與線粒體反密碼子
    ● 伴隨的去甲基化處理使得檢測結果更加真實可靠
    ● 所有引物均在多種細胞和組織中通過驗證
    ● 即拆即用型384孔板,幾小時內便可得到結果


    tRNA PCR芯片服務流程

    1. RNA抽提與質量檢測
           進行RNA常規抽提,使用NanoDrop ND-1000檢測RNA濃度和純度,使用瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA純度和完整性。詳細的樣品QC結果可見服務報告。
    2. 去甲基化處理與cDNA合成
           每樣本取1.5 μg RNA,使用rtStar? tRNA-optimized First-Strand Synthesis Kit (Cat# AS-FS-004, Arraystar) 試劑盒進行去甲基化處理和反轉,合成cDNA第一鏈。詳細步驟參照Arraystar產品操作手冊。
    3. Real-time PCR擴增
           將cDNA與 Arraystar SYBR Green qPCR Master Mix (Cat# AS-MR-005-5, Arraystar)混合,加入至384孔板中,在ABI 7900 PCR儀上進行Real-time PCR擴增。
    4. 熔解曲線分析與原始數據導出
           PCR擴增完成后,進行熔解曲線分析,使用PCR儀自帶軟件導出原始數據。出具Raw Data文件夾,包含原始Ct值、PCR擴增曲線圖和熔解曲線圖。


    tRNA PCR芯片數據分析流程

    1. PCR芯片數據質控
           質控參數:Ct(Blank)>35; Ct(GDC)>35; Ct(RNA Spike-in)<25; Ct (PPC) <25. 符合上述條件的樣本進入下一步分析。數據QC結果見Arraystar服務報告。
    2. 數據校正與△Ct值計算
           板間校正:使用Ct(PPC)對不同PCR板進行板間校正。
           內參校正與△Ct值計算:挑選最優內參,使用內參均值計算△Ct值。
    3. 差異倍數計算(2^(-△△Ct))
           使用 △△Ct 方法計算不同樣品組之間的表達差異倍數。
    4. P值計算
           對樣本組進行t檢驗,計算P值。
    5. 其他常規數據分析
           散點圖分析;火山圖分析;TOP20表達上調和下調tRNA柱形圖分析
    6. 提供服務報告與數據分析結果
           a. Arraystar服務報告(包括RNA樣本QC、qPCR數據QC和詳細實驗數據分析步驟)
           b. Excel芯片結果匯總表(包括tRNA列表,數據分析結果和各類圖表)
           c. Raw Data文件夾 (包含原始數據、擴增曲線圖和熔解曲線圖)


    tRNA PCR芯片部分分析結果展示

    1. 差異表達tRNA列表(默認篩選參數:差異倍數>1.5;P<0.05,客戶可指定篩選參數值)


    2. 散點圖(黑色斜線代表差異倍數為1,紅色斜線代表差異倍數為1.5)

       


    3. 火山圖(黑色垂線代表差異倍數為1;粉色垂線代表上調或下調倍數為1.5;藍色水平線代表P值為0.05)

         


    4. TOP20表達上調tRNA柱狀圖

       


    5. TOP20表達下調tRNA柱狀圖

      

  •        作為一種新型的tRNA來源的非編碼小RNA,tRF& tiRNA由精確調控的生物發生過程所產生,參與行使多種生物學功能: 作為microRNA參與RNA干擾;調節靶向mRNA的穩定性;在細胞應激條件下促進應激顆粒(SG)的組裝;調控細胞凋亡;作為表觀遺傳因子在世代間傳遞。tRFs& tiRNA的組成和含量高度依賴于細胞類型,并且與多種病理狀態密切相關。它們在生物體液中廣泛存在,含量遠超microRNA,使之有望成為極佳的分子標志物。

           Arraystar公司最新發布的 nrStar? Human tRF & tiRNA PCR Array包含了185類來自權威數據庫收錄和最新文獻報道的tRF或tiRNA,方便客戶對tRF & tiRNA進行簡單快捷地表達譜分析。


    nrStar? tRF&tiRNA PCR芯片服務列表

    服務 芯片 規格 描述
    nrStar? Human tRF&tiRNA PCR芯片技術服務 nrStar? Human tRF&tiRNA PCR芯片 384-well (2*192) plate 包含了185類來自權威數據庫收錄和最新文獻報道的tRF或tiRNA
    nrStarTM Mouse tRF PCR芯片技術服務 nrStarTM Mouse tRF PCR芯片 384-well (4*96) / plate 檢測從tRFdb數據庫中挑選的88個最常見的小鼠tRFs

    芯片特點


    ? 前沿-關注近些年火熱的tRF&tiRNA研究

    ? 聚焦-檢測最具生物學潛能的tRF&tiRNA

    ? 精確檢測-所有引物都經過精心設計、優化和驗證

    ? 簡單便捷-標準的qPCR板設計,直接使用,無需預擴增



    tRF&tiRNA PCR芯片實驗流程

    1. RNA抽提與質量檢測
           進行RNA常規抽提,使用NanoDrop ND-1000檢測RNA濃度和純度,使用瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA純度和完整性。詳細的樣品QC結果見服務報告。
    2. 雙端接頭連接與cDNA合成
           每樣本取1.5 μg RNA,使用rtStar? First-Strand cDNA Synthesis Kit (3’ and 5’ adaptor) (Cat# AS-FS-003, Arraystar) 試劑盒進行接頭連接和反轉,合成cDNA第一鏈。詳細步驟參照Arraystar產品操作手冊。
    3. Real-time PCR擴增
           將cDNA與 Arraystar SYBR Green qPCR Master Mix (Cat# AS-MR-005-5, Arraystar)混合,加入至384孔板中,在ABI 7900 PCR儀上進行Real-time PCR擴增。
    4. 熔解曲線分析與原始數據導出
           PCR擴增完成后,進行熔解曲線分析,使用PCR儀自帶軟件導出原始數據。出具Raw Data文件夾,包含原始Ct值、PCR擴增曲線圖和熔解曲線圖。


    tRF&tiRNA PCR芯片數據分析流程

    1. PCR芯片數據質控
           質控參數:Ct(Blank)>35; Ct(GDC)>35; Ct(RNA Spike-in)<25; Ct (PPC) <25. 符合上述條件的樣本進入下一步分析。數據QC結果見Arraystar服務報告。
    2. 數據校正與△Ct值計算
           板間校正:使用Ct(PPC)對不同PCR板進行板間校正。
           內參校正與△Ct值計算:挑選最優內參,使用內參均值計算△Ct值。
    3. 差異倍數計算(2^(-△△Ct))
           使用 △△Ct 方法計算不同樣品組之間的表達差異倍數。
    4. P值計算
           對樣本組進行t檢驗,計算P值。
    5. 其他常規數據分析
           散點圖分析;火山圖分析;TOP20表達上調和下調tRF&tiRNA柱形圖分析
    6. 提供服務報告與數據分析結果
           a. Arraystar服務報告(包括RNA樣本QC、qPCR數據QC和詳細實驗數據分析步驟)
           b. Excel芯片結果匯總表(包括tRF&tiRNA列表,數據分析結果和各類圖表)
           c. Raw Data文件夾 (包含原始數據、擴增曲線圖和熔解曲線圖)


    tRF&tiRNA PCR芯片部分數據分析結果展示
    1. 差異表達tRF & tiRNA列表(默認篩選參數:差異倍數>2;P<0.05,客戶可指定篩選參數值)


    2. 散點圖(黑色斜線代表差異倍數為1,紅色斜線代表差異倍數為2)  

            


    3. 火山圖(黑色垂線代表差異倍數為1;粉色垂線代表上調或下調倍數為2;藍色水平線代表P值為0.05)

         


    4. TOP20表達上調tRF & tiRNA柱狀圖

      


    5. TOP20表達下調tRF & tiRNA柱狀圖

      
  •        Arraystar 最新的nrStarTM Functional LncRNA PCR芯片(H/M)可分別檢測372個和185個已報道的與人或小鼠生物學功能或疾病相關的金標準lncRNA,為研究人員探索LncRNA功能及其生物標志物潛力提供了一個簡單、準確和數據豐富的解決方案。這些lncRNA精心挑選于科學文獻和最新數據庫。與大部分功能未知、序列殘缺的lncRNA相比,產品中的lncRNA特征明確、信息完善。Arraystar為這些lncRNA提供了詳細的注釋信息,包括生物學功能(干細胞分化、胚胎發育、心血管發育、造血系統與免疫、內分泌系統……)和作用機制(基因表達調控、表觀遺傳、基因組印記、染色體修飾……)等。lncRNA表達失調還與和神經退行性疾病、心血管疾病、糖尿病和癌癥等病理特征緊密相關。另外,LncRNA在表達分布和組織/疾病特異性上高于mRNA,已有不少已知或未知功能的lncRNA被認為具有分子標志物潛能。比如,PCA3已通過FDA認證,應用于前列腺癌的臨床診斷。
           Arraystar功能性lncRNA PCR芯片不僅含有最佳的內容,而且具有最優的技術表現。通過靶向特定的外顯子或可變剪接位點,每對lncRNA引物可以檢測到特定的轉錄本,從而區分同一lncRNA基因的不同轉錄本亞型。“機智”的cDNA合成策略保證了從完整或降解的RNA樣本檢測多聚腺苷酸尾和非多聚腺苷酸尾lncRNA的有效性。嚴格的外參、內參設置以及可信度高的均一化策略,保證了高質量的qPCR結果及其精確定量,可充分滿足臨床診斷應用或分子標志物鑒定所需。

    nrStar? Functional LncRNA PCR芯片服務列表

    服務 芯片 規格 描述
    nrStar? Human Functional LncRNA芯片技術服務 nrStar? Human Functional LncRNA PCR芯片 384-well plate 同時檢測372個功能已知或疾病相關的金標準lncRNA
    nrStar? Mouse Functional LncRNA芯片技術服務 nrStar? Mouse Functional LncRNA PCR芯片 384-well (2*192) / plate 包含185個與小鼠生物學功能和疾病緊密關聯的已知功能lncRNA轉錄本


     芯片特點
     ? 全面收集已知的與生物學功能或疾病明確相關的LncRNA

    ? 功能性LncRNA和疾病相關lncRNA都經過詳細分類、注釋和交叉引用

    ? 所有引物均經過多種樣品類型的驗證,充分滿足生物標記物鑒定的需要。

    ? 轉錄本特異性PCR引物可以明確且準確地檢測每個LncRNA異構體。



    Functional LncRNA PCR芯片服務實驗流程

    1. RNA抽提與質量檢測
           進行RNA常規抽提,使用NanoDrop ND-1000檢測RNA濃度和純度,使用瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA純度和完整性。詳細的樣品QC結果見服務報告。
    2. cDNA合成
           每樣本取1.5 μg RNA,使用rtStar? First-Strand Synthesis Kit (Cat# AS-FS-001, Arraystar) 試劑盒進合成cDNA第一鏈。詳細步驟參照Arraystar產品操作手冊。
    3. Real-time PCR擴增
           將cDNA與 Arraystar SYBR Green qPCR Master Mix (Cat# AS-MR-005-5, Arraystar)混合,加入至384孔板中,在ABI 7900 PCR儀上進行Real-time PCR擴增。
    4. 熔解曲線分析與原始數據導出
           PCR擴增完成后,進行熔解曲線分析,使用PCR儀自帶軟件導出原始數據。出具Raw Data文件夾,包含原始Ct值、PCR擴增曲線圖和熔解曲線圖。  


    Functional LncRNA PCR芯片服務數據分析流程
    1. PCR芯片數據質控
           質控參數:Ct(Blank)>35; Ct(GDC)>35; Ct(RNA Spike-in)<25; Ct (PPC) <25. 符合上述條件的樣本進入下一步分析。數據QC結果見Arraystar服務報告。
    2. 數據校正與△Ct值計算
           板間校正:使用Ct(PPC)對不同PCR板進行板間校正。
           內參校正與△Ct值計算:挑選最優內參,使用內參均值計算△Ct值。
    3. 差異倍數計算 (2^(-△△Ct))
           使用 △△Ct 方法計算不同樣品組之間的表達差異倍數。
    4. P值計算
           對樣本組進行t檢驗,計算P值。
    5. 其他常規數據分析
           散點圖分析;火山圖分析;TOP20表達上調和下調LncRNA柱形圖分析
    6. 提供服務報告與數據分析結果
           a. Arraystar服務報告(包括RNA樣本QC、qPCR數據QC和詳細實驗數據分析步驟)
           b. Excel芯片結果匯總表(包括tRNA列表,數據分析結果和各類圖表)
           c. Raw Data文件夾 (包含原始數據、擴增曲線圖和熔解曲線圖)


    Functional LncRNA PCR芯片服務部分數據分析結果展示
    1. 差異表達LncRNA列表(默認篩選參數:差異倍數>2;P<0.05,客戶可指定篩選參數值)



    2. 散點圖(黑色斜線代表差異倍數為1,紅色斜線代表差異倍數為2)差異表達



    3. 火山圖(黑色垂線代表差異倍數為1;粉色垂線代表上調或下調倍數為2;藍色水平線代表P值為0.05)



    4. TOP20表達上調LncRNA柱狀圖

    5. TOP20表達下調LncRNA柱狀圖

  •        近年來,snoRNA已成為疾病領域特別是癌癥領域的研究熱點。snoRNA在血液、痰液以及尿液中穩定存在,是高潛能的疾病診斷分子標志物。Arraystar公司最新推出的nrStar? Human snoRNA PCR Array,包含了359條從權威數據庫SnoPY 與 snoRNA-LBME-db精心挑選的snoRNA,是目前市場上snoRNA覆蓋度最高的PCR芯片,是進行snoRNA表達檢測與功能研究必不可少的工具。

           核仁小RNA (snoRNA) 是一類中等長度的非編碼小RNA分子,其長度60-300 nt不等,是snoRNPs復合物的主要成員之一[1]。在snoRNP復合物中,snoRNA通過堿基互補原理識別rRNA上的特定位點,引導復合物對這些位點進行2'-O甲基化和假尿嘧啶化修飾。在脊椎動物中,核仁小RNA的編碼基因主要位于蛋白編碼基因的內含子區,其轉錄產物經轉錄后加工形成成熟的核仁小RNA[2]。snoRNA參與多種生物學過程,包括rRNA的加工處理,RNA剪接和翻譯,以及對氧化應激反應的調控[3]。根據snoRNA結構與功能的不同,可將snoRNA分為兩大類:負責2'-O甲基化的box C/D snoRNA和負責假尿嘧啶化的box H/ACA snoRNA[1]。另外,還存在一類比較特殊的snoRNA— scaRNAs。scaRNAs特異表達于細胞核的Cajal小體,具有類似的C/ D box或H/ ACA box結構[4]。snoRNA還產生類似miRNA的短片段非編碼RNA,可與AGO蛋白結合并識別靶向mRNA序列,調控其翻譯過程[5]。
           多項研究表明,snoRNA在腫瘤中異常表達,并在腫瘤轉移過程中扮演著重要角色。有些snoRNA可作為腫瘤促進劑或抑制劑發揮功能[6-7]。例如,SNORD50A/B具有結合K-Ras并抑制其活性的功能,常在癌癥中發生缺失突變[8];SNORD44 (RNU44) 和SNORD43 (RNU43) 與乳腺癌的不良預后有關[9];SNORA80E (SNORA42) 在肺癌中作為癌基因存在,抑制SNORA42的表達能夠產生明顯的抗癌作用[10]。C/D Box 類snoRNAs在癌癥中普遍高表達[11]。此外,snoRNA在神經退行性疾病的發生發展過程也發揮著關鍵作用。


    nrStar? Human Functional LncRNA PCR Array服務列表

    服務名稱 芯片 規格 描述
    nrStar? Human snoRNA PCR Array Service nrStar? Human snoRNA PCR Array 384-well plate 359條snoRNA,7條snoRNA靶向snRNA和 4條snoRNPs復合物成員mRNA


    芯片特點
    ?最佳覆蓋范圍—同一塊384孔板上覆蓋了snoRNA,snoRNA靶向snRNA以及snoRNP復合物成員,是目前市場上覆蓋度最高的PCR芯片
    ?無與倫比的靈敏度–只需50 ng總RNA,無需擴增
    ?穩定有效的PCR引物– 所有引物均在不同的細胞組織樣本中通過嚴格驗證
    ?簡單快速–無需擴增,只需將反轉好的cDNA與SYBR? Green master mix混合加入到板中,然后運行qPCR, 4小時內即能得到實驗結果
    ?疾病分子標志物篩選–高覆蓋度、靈敏度、準確率以及高通量使其成為疾病分子標志物篩選與驗證的首選


    PCR芯片所包含的snoRNA列表
    SnoPY :http://snoopy.med.miyazaki-u.ac.jp/
    snoRNA-LBME-db:https://www-snorna.biotoul.fr//

    C/D BOX(213)
    SNORD4A; SNORD5; SNORD6; SNORD7; SNORD8; SNORD9; SNORD10; SNORD119; SNORD121A;SNORD121B;SNORD123;SNORD124;SNORD126;SNORD127;
    SNORD1A;SNORD1B;SNORD1C;SNORD2;SNORD101;SNORD102;SNORD103;
    SNORD103B;SNORD104;SNORD105;SNORD105B;SNORD12C;SNORD13;
    SNORD14A;SNORD14B;SNORD15A;SNORD15B;SNORD16;SNORD18A;
    SNORD18B;SNORD18C;SNORD20;SNORD21;SNORD22;SNORD24;
    SNORD25;SNORD26;SNORD27;SNORD28;SNORD3;SNORD30;SNORD31;
    SNORD32A;SNORD32B;SNORD33;SNORD34;SNORD35A;SNORD35B;
    SNORD36A;SNORD36B;SNORD36C;SNORD37;SNORD38A;SNORD38B;
    SNORD41;SNORD42A;SNORD42B;SNORD43;SNORD4B;U97;SNORD96B;
    SNORD96A;SNORD95;SNORD94;SNORD86;SNORD84;SNORD83B;
    SNORD83A;SNORD117;SNORD82;SNORD81;SNORD80;SNORD118;
    SNORD78;SNORD77;SNORD76;SNORD75;SNORD73a;SNORD63;SNORD62B;
    SNORD61;SNORD60; SNORD59B; SNORD59A; SNORD58B; SNORD58C; SNORD57;SNORD56;SNORD55;SNORD54;SNORD53;SNORD52;SNORD51;
    SNORD50; SORD50B; SNORD48; SNORD47; SNORD46; SNORD45A; SNORD45B; SNORD45C; SNORD44;SNORD12;SNORD12B;SNORD112;SNORD113-1;SNORD114-1;SNORD17; SNORD19; SNORD19B; SNORD23; SNORD65; SNORD66; SNORD67; SNORD88A/B/C; SNORD68;SNORD69;SNORD70;SNORD71;SNORD72;SNORD85;SNORD87;
    SNORD90; SNORD91A; SNORD91B; SNORD92; SNORD93; SNORD98; SNORD99; SNORD100; SNORD109A/B; SNORD115-1; SNORD110; SNORD111; SNORD111B; SNORD116-1; SNORD11;SNORD11B;SNORD12;SNORD12B;SNORD113-2;SNORD113-4;SNORD113-5; SNORD113-6; SNORD113-7; SNORD113-8; SNORD113-9/ SNORD113-3; SNORD114-10/18; SNORD114-11; SNORD114-12/14; SNORD114-13; SNORD114-15/3/5/21/23/25/26; SNORD114-17/4; SNORD114-19; SNORD114-2; SNORD114-20/21/22/28; SNORD114-24; SNORD114-29/30; SNORD114-31; SNORD114-6/9; SNORD114-7; SNORD115-11; SNORD115-12; SNORD115-17/18/23; SNORD115-27/29/30;SNORD115-28; SNORD115-36; SNORD115-37; SNORD115-48; SNORD116-11; SNORD116-12/16/17/18/21/22/24; SNORD116-13/14/15/20; SNORD116-19; SNORD116-23;SNORD116-25/26; SNORD116-27/29/30; SNORD116-28; SNORD116-5; SNORD116-6; SNORD116-9; SNORD79; SNORD58A; SNORD49A; SNORD49B; SNORD45BL2;SNORD42BL1;SNORD3@L39;SNORD3@L19;SNORD118L14;
    SNORD3L3;SNORD118L11;SNORD68L1;SNORD118L9;SNORD3@L37;
    SNORD74L5;SNORD45BL1; SNORD65L2; SNORD23; SNORD38BL3; SNORD44L1; SNORD74L4; SNORD45BL3; SNORD56L7; SNORD77L3; SNORD41L1; SNORA25L14; SNORD75L2; SNORD114-15L1; U3.41-201; SNORD53L1; SNORD55L1; SNORD62BL1; SNORD51L1
     
    H/ACA BOX(122)
    SNORA10; SNORA13; SNORA14A; SNORA14B; SNORA15; SNORA16; SNORA17; SNORA18; SNORA19; SNORA21; SNORA22; SNORA23; SNORA24; SNORA25;
     SNORA28; SNORA3; SNORA2B; SNORA45; SNORA30; SNORA31; SNORA33;
     SNORA34; SNORA36; SNORA36B; SNORA37; SNORA38; SNORA39; SNORA4;
    SNORA41; SNORA42; SNORA43; SNORA44; SNORA46; SNORA48; SNORA49;
    SNORA5A; SNORA50; SNORA51; SNORA52; SNORA53; SNORA54; SNORA55;
    SNORA56; SNORA58; SNORA59; SNORA5B; SNORA5C; SNORA6; SNORA60;
     SNORA61; SNORA77; SNORA80; SNORA80B; SNORA7A; SNORA8; SNORA9;
    SNORA62; SNORA63; SNORA47; SNORA35; SNORA26; SNORA11B; SNORA11D; SNORA11E; SNORA36C; SNORA38B; SNORA84; SNORA11; SNORA12; SNORA73A; SNORA73B; SNORA74A; SNORA74B; SNORA64; SNORA65; SNORA66; SNORA67; SNORA70; SNORA70B; SNORA70C; SNORA70D; SNORA70E; SNORA70F; SNORA71A; SNORA71B; SNORA72; SNORA99; SNORA71D; SNORA20; SNORA27; SNORA29; SNORA32; SNORA40; SNORA78; HBI-61; SNORA11C; SNORA68; SNORA69;
    SNORA16B; SNORA1; SNORA72L7; SNORA64L2; SNORA18L1; SNORA62L2;
     AL137790.4; SNORA11DL1; SNORA51L11; SNORA10L1; SNORA12L2; SNORA11EL1; SNORA70BL6; SNORA20L1; SNORA63L9; SNORA18L2; SNORA20L4; SNORA11BL2; SNORA67L1; SNORA32L2; SNORA2AL1; SNORA43L2; SNORA12L1; SNORA62L4
     
    Cajal body-specific scaRNAs(24)
    SCARNA18; HTR; HBII-382; SCARNA13; SCARNA8; SCARNA17; SCARNA7; SCARNA12; SCARNA6; SCARNA5; SCARNA10; SCARNA14; mgU2-25/61; SCARNA9; mgU12-22/U4-8; HBI-100; ACA68; ACA66; SCARNA11; SCARNA16; SCARNA1; SCARNA4; SCARNA23; SCARNA22


    snoRNA PCR芯片實驗流程

    1.RNA抽提與質量檢測
           進行RNA常規抽提,使用NanoDrop ND-1000檢測RNA濃度和純度,使用瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA純度和完整性。詳細的樣品QC結果見服務報告。
    2.cDNA合成
           每樣本取1.5 μg RNA,使用rtStar? First-Strand Synthesis Kit (Cat# AS-FS-001, Arraystar) 試劑盒合成cDNA第一鏈。詳細步驟參照Arraystar產品操作手冊。
    3.Real-time PCR擴增
           將cDNA與 Arraystar SYBR Green qPCR Master Mix (Cat# AS-MR-005-5, Arraystar)混合,加入至384孔板中,在ABI 7900 PCR儀上進行Real-time PCR擴增。
    4.熔解曲線分析與原始數據導出

           PCR擴增完成后,進行熔解曲線分析,使用PCR儀自帶軟件導出原始數據。出具Raw Data文件夾,包含原始Ct值、PCR擴增曲線圖和熔解曲線圖。


    snoRNA PCR芯片數據分析流程
    1.PCR芯片數據質控
           質控參數:Ct(Blank)>35; Ct(GDC)>35; Ct(RNA Spike-in)<25; Ct (PPC) <25. 符合上述條件的樣本進入下一步分析。
    2.數據校正與△Ct值計算
           板間校正:使用Ct(PPC)對不同PCR板進行板間校正。
           內參校正與△Ct值計算:挑選最優內參,使用內參均值計算△Ct值。
    3.差異倍數計算 (2^(-△△Ct))
           使用 △△Ct 方法計算不同樣品組之間的表達差異倍數。
    4.P值計算
           對樣本組進行t檢驗,計算P值。
    5.其他常規數據分析
           散點圖分析;火山圖分析;TOP20表達上調和下調snoRNA柱形圖分析
    6.提供服務報告與數據分析結果
           a.Arraystar服務報告(包括RNA樣本QC和詳細實驗數據分析步驟)
           b.Excel芯片結果匯總表(包括snoRNA列表,數據分析結果和各類圖表)
           c.Raw Data文件夾 (包含原始數據、擴增曲線圖和熔解曲線圖)


    Arraystar snoRNA PCR芯片服務部分結果展示
    1.差異表達snoRNA列表(默認篩選參數:差異倍數>2;P<0.05,客戶可指定篩選參數值)


    2.散點圖 (黑色斜線代表差異倍數為1,紅色斜線代表差異倍數為2)


    3.火山圖(黑色垂線代表差異倍數為1;粉色垂線代表上調或下調倍數為2;藍色水平線代表P值為0.05)


    4.TOP20表達上調snoRNA柱狀圖


    5.TOP20表達下調snoRNA柱狀圖