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表觀基因組學

  • 甲基化測序(MeDIP seq )數據是否可以和全基因表達譜芯片或lncRNA芯片聯合應用?

           兩個平臺可以同時做,這樣不僅可以縮小驗證指標挑選范圍而且可以從宏觀角度來說明DNA甲基化對基因的轉錄調控。


         DNA甲基化和表達譜的聯合分析:


         a)理論上甲基化水平升高會抑制基因的表達,但甲基化不是調控基因表達的唯一因素。所以聯合分析的意義就在于:


         1 統計有多少甲基化變化的基因同時發生了表達的變化,也就是說在特定的條件下甲基化是不是調控基因表達的主要因素。


         2 縮小研究范圍。甲基化測序或芯片篩選得到的差異基因往往數目眾多給候選基因的篩選帶來了困惑,結合表達譜能縮小范圍找到有調控基因表達作用的甲基化變化,這個也是甲基化研究的意義所在。


         b) 聯合分析的形式:1 韋恩圖;2 熱圖。


  • DNA甲基化與羥甲基化的區別?

    DNA甲基化是指在DNA甲基化轉移酶DNMT的作用下,基因組CpG二核苷酸的胞嘧啶5‘碳原子共價鍵結合一個甲基基團。

    DNA羥甲基化是在TET酶的作用下,5甲基胞嘧啶上加羥基產生5羥甲基胞嘧啶。

    DNA甲基化和羥甲基化是兩種獨立的表觀改變,有研究表明兩者有相反的功能作用。

  • 甲基化芯片(MeDIP chip)數據報告包含哪些內容?

    1 芯片原始圖;

    2 DNA QC;

    3 芯片數據展示 (MA plot,box plot和相關系數分析圖);

    4 原始信號數據(raw data);

    5 GFF files (scaled log2 ratio data, p value data, peaks data, annotation);

    6 芯片分析結果(各個樣品啟動子區域甲基化的基因列表、各個樣品CpG island區域甲基化情況列表、各個樣品啟動子區域差異甲基化的基因);

    7 差異甲基化的基因及區域;

    8 GO、Pathway 分析;

    9 可視化文件,可用signalmap軟件導出文章發表級別的甲基化分布圖。



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