三分排列3

NuRNA? tRNA Modification Enzymes PCR芯片(H)

  • 產品簡介
  • 產品設計背景
  • 數據庫
  • 實驗流程
  • 說明書
  • 產品列表

    芯片 貨號 規格 描述
    NuRNA? Human tRNA Modification Enzymes PCR Array AS-NM-001-1 384 (4x96)-well plate 同時檢測85個tRNA修飾酶及相關蛋白因子
    NuRNA? Human tRNA Modification Enzymes PCR Array (Roche Light Cycler 480) AS-NM-001-1-R 384 (4x96)-well plate



    產品特點

    覆蓋度廣—囊括了UniProt與Modomics中所有已知的tRNA修飾酶/蛋白因子
    嚴謹性強—所有引物都通過了多樣本嚴格驗證
    快速簡易—即用型384孔板規格,只需將cDNA與qPCR Master Mix混合試劑加入PCR板中,4小時內得到實驗結果。cDNA無需預先擴增。 


    為保證NuRNA? tRNA Modification Enzymes PCR芯片最佳的實驗效果,建議配套使用Arraystar rtStar? First-Strand cDNA Synthesis Kit  (AS-FS-001)Arraystar SYBR? Green Real-time qPCR Master Mix

  •        tRNA是基因與蛋白之間重要的信息傳遞者,通過與特定氨基酸結合而發揮功能。越來越多的文獻表明,tRNA及其來源的RNA片段(tRFs)在細胞增殖、分化、代謝、應激反應以及多種疾病中發揮著調控作用[1]。tRNA攜帶種類豐富、數目眾多的轉錄后修飾。這些修飾為tRNA功能發揮所必需,參與tRNA的正確折疊,穩定維持和基因解碼功能。比如,位于頸環部位的修飾影響tRNA的折疊與穩定性,反密碼子環上的修飾確保翻譯準確性,34號位置的修飾決著密碼子的擺動性,反密碼子環附近的修飾調控密碼子與反密碼子識別(圖1)。

          tRNA修飾受各類tRNA修飾相關蛋白的動態調控[2],這些蛋白突變或者功能紊亂,與多種疾病的發生有關。例如,NSUN2負責催化胞嘧啶5’甲基化,其突變會導致機體頭小畸形癥;t6A甲硫基轉移酶CDKAL1功能紊亂可誘發Ⅱ型糖尿病[3]。tRNA修飾對于疾病治療的重要性,以及這些修飾是如何被調控,仍待進一步的研究[4,5]。

          對于特定通路或聚焦領域中的基因而言,PCR芯片是其表達研究最可靠便捷的手段。為了方便研究人員能夠快速檢測tRNA修飾相關蛋白的表達,Arraystar發布了市場上首款聚焦tRNA修飾蛋白檢測的PCR芯片—— Arraystar公司NuRNA? tRNA Modification Enzymes PCR Array。參考已有文獻與權威數據庫(UniProt和Modomics),此款芯片囊括了85個tRNA修飾酶和蛋白因子,覆蓋了所有已知的tRNA修飾酶。PCR芯片上的每對引物在多個組織和細胞系中通過了嚴格驗證。

    圖1.人類tRNA修飾類型與修飾相關蛋白。


    參考文獻

    [1] Kirchner S, Ignatova Z. Emerging roles of tRNA in adaptive translation, signalling dynamics and disease. Nature reviews Genetics 2015;16:98-112.

    [2] El Yacoubi B, Bailly M, de Crecy-Lagard V. Biosynthesis and function of posttranscriptional modifications of transfer RNAs. Annual review of genetics 2012;46:69-95.

    [3] Zhou B, Wei FY, Kanai N, Fujimura A, Kaitsuka T, Tomizawa K. Identification of a splicing variant that regulates type 2 diabetes risk factor CDKAL1 level by a coding-independent mechanism in human. Human molecular genetics 2014;23:4639-50.

    [4] Zhang X, Cozen AE, Liu Y, Chen Q, Lowe TM. Small RNA Modifications: Integral to Function and Disease. Trends in molecular medicine 2016.

    [5] Suzuki T, Nagao A, Suzuki T. Human mitochondrial tRNAs: biogenesis, function, structural aspects, and diseases. Annual review of genetics 2011;45:299-329.


  • 表1.tRNA修飾酶/蛋白因子(修飾類型)

    tRNA修飾及相關蛋白(85):

    ADAT1(m1I37), ADAT2(m1I34), ADAT3(-), ALKBH1(mcm5U), ALKBH8(mchm5U34/mcm5s2U34/mcm5U34/mcm5Um34), C9orf64(-), CDK5RAP1(ms2A37/ms2 i6A37), CDKAL1(ms2A37/ms2 i6A37), CDKL1(ms2t6A), CTU1(mcm5S2U ), CTU2(mcm5S2U), DUS1L(D16/17), DUS2(D20), DUS3L(D47), DUS4L(D), ELP3(-), ELP4(mcm5s2U), FBLL1(-), FTSJ1(Cm32/Gm34), GTPBP3(tm5U34), HSD17B10(m1A9/m1G9), IKBKAP(-), KIAA0391(m1A9/m1G9), KIAA1456(Um), LAGE3(t6A37), LCMT2(o2yW), METTL1(m7G46), METTL2A(Cm), METTL2B(3mC), MOCS3(mcm5S2U ), MTO1(tm5U34), NAT10(Ac4C), NFS1(s2U34/tm5s2U34), NSUN2(m5C49), NSUN6(m5C72), OSGEP(t6A37), OSGEPL1(t6A37), PUS1(pseudouridine27/pseudouridine28), PUS10(pseudouridine 55), PUS3(pseudouridine39), PUS7L(pseudouridine), PUSL1(pseudouridine), QTRT1 (Q34), QTRT2 (Q34), RPUSD1(pseudouridine), RPUSD2(pseudouridine31/pseudouridine32), RPUSD3(pseudouridine), RPUSD4(pseudouridine31/pseudouridine32), SSB(-), TARBP1(-), THUMPD1(Acetylcytidine), THUMPD2(Gm), THUMPD3(Gm), TP53RK(t6A37), TPRKB(t6A37), TRDMT1(m5C38), TRIT1(i6A37), TRMO(m6t6A), TRMT1(m2G26/m22G26), TRMT10A(m1G9), TRMT10B(m1G9), TRMT10C(m1A9/m1G9), TRMT11(m2G10), TRMT112(mchm5U34/mcm5s2U34/mcm5U34/mcm5Um34), TRMT12(o2yW), TRMT13(m4C/m4A ), TRMT1L(m2G26/m22G26), TRMT2A(Um), TRMT2B(m5U54), TRMT44(Um44), TRMT5(m1G37/o2yW), TRMT6(m1A58), TRMT61A(m1A58), TRMT61B(m1A58), TRMU(s2U34/tm5s2U34), TRUB1(pseudouridine), TRUB2(pseudouridine55), TYW1(o2yW), TYW1B(o2yW), TYW3(o2yW), TYW5 (o2yW), UBA5(cyclic t6A), URM1(mcm5S2U), WDR4(m7G46), YRDC(t6A37)

    注:tRNA修飾縮寫參考Modomics數據庫,基因名參考UniProt。


  • 適用的PCR儀:

    ABI ViiA? 7

    ABI 7500 & ABI 7500 FAST

    ABI 7900HT

    ABI QuantStudio? 6 Flex Real-Time PCR system

    ABI QuantStudio? 7 Flex Real-Time PCR system

    ABI QuantStudio? 12K Flex Real-Time PCR System

    Bio-Rad CFX384

    Bio-Rad iCycler & iQ Real-Time PCR Systems

    Eppendorf Realplex

    QIAGEN Rotor Gene Q 100

    Roche Light Cycler 480

    Stratagene Mx3000

    Roche Light Cycler 480


  • Aksomics使用Arraystar的芯片為客戶提供服務,以下為相關資料:

    產品說明書: adobe_pdf_small Manual_NuRNA?_Human_tRNA_Modification_Enzymes_PCR_Array_v1.02

    分析工具: excel Analysis Tool for NuRNA? Human tRNA Modification Enzymes PCR Array_v1.0