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nrStar? snoRNA PCR芯片(H)

  • 產品簡介
  • 芯片設計背景
  • 工作流程
  • 數據庫
  • 說明書
  •        nrStar? snoRNA PCR Array是目前市場上研究核仁小RNA的最新最全的PCR芯片。此PCR芯片包含359個權威數據庫來源的snoRNA,覆蓋了所有PCR技術可區分的核仁小RNA,是進行snoRNA表達檢測與功能研究必不可少的工具。 


    產品列表

    產品名稱 貨號 規格 描述
    nrStar? Human snoRNA PCR Array AS-NR-003-1 384 well / plate 359條snoRNA、7條snoRNA靶向snRNA以及4條snoRNP復合物成員mRNA
    nrStar? Human snoRNA PCR Array (Roche Light Cycler 480) AS-NR-003-1-R 384 well / plate


    產品特點

    ● 最佳覆蓋范圍覆蓋—所有PCR技術可區分的snoRNA
    ● 無與倫比的靈敏度—只需50ng總RNA,無需擴增
    ● 穩定有效的PCR引物—所有的snoRNA引物均在不同的細胞組織樣本中通過嚴格驗證
    ● 簡單快速—只需將cDNA與SYBR? Green master mix混合,加入板中,然后運行qPCR,4小時之內就能得到實驗結果
    ● 疾病分子標志物篩選—適用于疾病分子標志物的高通量篩選和驗證
  •        核仁小RNA (snoRNA)是一類中等長度的非編碼小RNA,其長度60-400nt不等,與核仁核糖核蛋白結合形成snoRNPs復合物發揮功能。在脊椎動物中,核仁小RNA的編碼基因主要存在于蛋白編碼基因的內含子區,經轉錄加工處理形成成熟的核仁小RNA分子。snoRNA參與多種生物學過程,比如rRNA的加工處理,RNA剪接和翻譯,以及氧化應激反應的調控。snoRNA主要通過snoRNPs復合物來發揮作用。通過snoRNA堿基互補識別靶基因特定位點,snoRNPs復合物催化這些位點的2’-O甲基化或假尿嘧啶化反應。根據snoRNA結構與功能的不同,可以將snoRNA分為兩大類:負責2’-O甲基化的box C/D snoRNA和負責假尿嘧啶化的box H/ACA snoRNA。另外,還存在一類比較特殊的snoRNA- scaRNAs (它們具有類似box C、box D或者box H、box ACA結構,特異表達于small Cajal body)。snoRNA可以產生更小片段的非編碼RNA-sdRNA。sdRNA與miRNA類似,能夠通過調節mRNA的穩定性來發揮作用。

           多項研究表明,snoRNA在腫瘤中異常表達,并在腫瘤的轉移過程中扮演著重要角色。在乳腺癌和前列腺癌中,SNORD50A發生了2個堿基的缺失突變,并且其拷貝數明顯降低,因此被認為是抑癌基因。有趣的是,H/ACA box snoRNA SNORA42在肺癌中作為癌基因存在,抑制SNORA42的表達具有明顯的抗癌作用。C/D box snoRNAs的表達水平常伴隨腫瘤的發生而增加。有一些C/D box snoRNAs可以作為疾病的分子標志物,比如SNORD44和SNORD43與乳腺癌的不良預后相關。snoRNA在神經退行性疾病的發生發展過程也發揮著關鍵作用。snoRNAs在血液、痰液以及尿液中穩定存在,使其作為疾病分子診斷標志物方面具有巨大的前景。目前,snoRNA已經成為疾病領域特別是癌癥領域里的研究熱點。
           nrStar? Human snoRNA PCR芯片包括359條snoRNA、7條snoRNA靶向snRNA以及4條snoRNP復合物成員mRNA。此PCR芯片覆蓋了所有PCR技術可區分的snoRNA,能夠快速方便的檢測出組織、細胞以及血液中的snoRNA的表達情況。它還可應用于疾病分子標志物的高通量篩選和驗證。
           為了確保數據質量,此芯片包含8個內參基因用于數據的均一化處理。此芯片還使用RNA Spike-in,PCC和GDC對照組來檢測cDNA合成效率,PCR擴增效率和基因組DNA污染。

  •  圖1. nrStar? Human snoRNA PCR Array工作流程

    適用的PCR儀:
    ABI ViiA? 7

    ABI 7500 & ABI 7500 FAST

    ABI 7900HT

    ABI QuantStudio? 6 Flex

    Real-Time PCR system

    ABI QuantStudio? 7 Flex Real-Time PCR system

    ABI QuantStudio? 12K Flex Real-Time PCR System

    Bio-Rad CFX384

    Bio-Rad iCycler & iQ Real-Time PCR Systems

    Eppendorf Realplex

    QIAGEN Rotor Gene Q100

    Roche LightCycler480

    Stratagene Mx3000

    Roche LightCycler480

  • SnoPY:http://snoopy.med.miyazaki-u.ac.jp/
    snoRNA-LBME-db:https://www-snorna.biotoul.fr//
    C/D BOX(213)
    SNORD4A; SNORD5; SNORD6; SNORD7; SNORD8; SNORD9; SNORD10; SNORD119; SNORD121A; SNORD121B; SNORD123; SNORD124; SNORD126; SNORD127; SNORD1A; SNORD1B; SNORD1C; SNORD2; SNORD101; SNORD102; SNORD103; SNORD103B; SNORD104; SNORD105; SNORD105B; SNORD12C; SNORD13; SNORD14A; SNORD14B; SNORD15A; SNORD15B; SNORD16; SNORD18A; SNORD18B; SNORD18C; SNORD20; SNORD21; SNORD22; SNORD24; SNORD25; SNORD26; SNORD27; SNORD28; SNORD3; SNORD30; SNORD31; SNORD32A; SNORD32B; SNORD33; SNORD34; SNORD35A; SNORD35B; SNORD36A; SNORD36B; SNORD36C; SNORD37; SNORD38A; SNORD38B; SNORD41; SNORD42A; SNORD42B; SNORD43; SNORD4B; U97; SNORD96B; SNORD96A; SNORD95; SNORD94; SNORD86; SNORD84; SNORD83B; SNORD83A; SNORD117; SNORD82; SNORD81; SNORD80; SNORD118; SNORD78; SNORD77; SNORD76; SNORD75; SNORD73a; SNORD63; SNORD62B; SNORD61; SNORD60; SNORD59B; SNORD59A; SNORD58B; SNORD58C; SNORD57; SNORD56; SNORD55; SNORD54; SNORD53; SNORD52; SNORD51; SNORD50; SORD50B; SNORD48; SNORD47; SNORD46; SNORD45A; SNORD45B; SNORD45C; SNORD44; SNORD12; SNORD12B; SNORD112; SNORD113-1; SNORD114-1; SNORD17; SNORD19; SNORD19B; SNORD23; SNORD65; SNORD66; SNORD67; SNORD88A/B/C; SNORD68; SNORD69; SNORD70; SNORD71; SNORD72; SNORD85; SNORD87; SNORD90; SNORD91A; SNORD91B; SNORD92; SNORD93; SNORD98; SNORD99; SNORD100; SNORD109A/B; SNORD115-1; SNORD110; SNORD111; SNORD111B; SNORD116-1; SNORD11; SNORD11B; SNORD12; SNORD12B; SNORD113-2; SNORD113-4;SNORD113-5; SNORD113-6; SNORD113-7; SNORD113-8; SNORD113-9/ SNORD113-3; SNORD114-10/18; SNORD114-11; SNORD114-12/14; SNORD114-13; SNORD114-15/3/5/21/23/25/26; SNORD114-17/4; SNORD114-19; SNORD114-2; SNORD114-20/21/22/28; SNORD114-24; SNORD114-29/30; SNORD114-31; SNORD114-6/9; SNORD114-7; SNORD115-11; SNORD115-12; SNORD115-17/18/23; SNORD115-27/29/30; SNORD115-28; SNORD115-36; SNORD115-37; SNORD115-48; SNORD116-11; SNORD116-12/16/17/18/21/22/24; SNORD116-13/14/15/20; SNORD116-19; SNORD116-23; SNORD116-25/26; SNORD116-27/29/30; SNORD116-28; SNORD116-5; SNORD116-6; SNORD116-9; SNORD79; SNORD58A; SNORD49A; SNORD49B; SNORD45BL2; SNORD42BL1; SNORD3@L39; SNORD3@L19; SNORD118L14; SNORD3L3; SNORD118L11; SNORD68L1; SNORD118L9; SNORD3@L37; SNORD74L5; SNORD45BL1; SNORD65L2; SNORD23; SNORD38BL3; SNORD44L1; SNORD74L4; SNORD45BL3; SNORD56L7; SNORD77L3; SNORD41L1; SNORA25L14; SNORD75L2; SNORD114-15L1; U3.41-201; SNORD53L1; SNORD55L1; SNORD62BL1; SNORD51L1 

    H/ACA BOX(122)
    SNORA10; SNORA13; SNORA14A; SNORA14B; SNORA15; SNORA16; SNORA17; SNORA18; SNORA19; SNORA21; SNORA22; SNORA23; SNORA24; SNORA25; SNORA28; SNORA3; SNORA2B; SNORA45; SNORA30; SNORA31; SNORA33; SNORA34; SNORA36; SNORA36B; SNORA37; SNORA38; SNORA39; SNORA4; SNORA41; SNORA42; SNORA43; SNORA44; SNORA46; SNORA48; SNORA49; SNORA5A; SNORA50; SNORA51; SNORA52; SNORA53; SNORA54; SNORA55; SNORA56; SNORA58; SNORA59; SNORA5B; SNORA5C; SNORA6; SNORA60; SNORA61; SNORA77; SNORA80; SNORA80B; SNORA7A; SNORA8; SNORA9; SNORA62; SNORA63; SNORA47; SNORA35; SNORA26; SNORA11B; SNORA11D; SNORA11E; SNORA36C; SNORA38B; SNORA84; SNORA11; SNORA12; SNORA73A; SNORA73B; SNORA74A; SNORA74B; SNORA64; SNORA65; SNORA66; SNORA67; SNORA70; SNORA70B; SNORA70C; SNORA70D; SNORA70E; SNORA70F; SNORA71A; SNORA71B; SNORA72; SNORA99; SNORA71D; SNORA20; SNORA27; SNORA29; SNORA32; SNORA40; SNORA78; HBI-61; SNORA11C; SNORA68; SNORA69; SNORA16B; SNORA1; SNORA72L7; SNORA64L2; SNORA18L1; SNORA62L2; AL137790.4; SNORA11DL1; SNORA51L11; SNORA10L1; SNORA12L2; SNORA11EL1; SNORA70BL6; SNORA20L1; SNORA63L9; SNORA18L2; SNORA20L4; SNORA11BL2; SNORA67L1; SNORA32L2; SNORA2AL1; SNORA43L2; SNORA12L1; SNORA62L4

    Cajal body-specific scaRNAs(24)
    SCARNA18; HTR; HBII-382; SCARNA13; SCARNA8; SCARNA17; SCARNA7; SCARNA12; SCARNA6; SCARNA5; SCARNA10; SCARNA14; mgU2-25/61; SCARNA9; mgU12-22/U4-8; HBI-100; ACA68; ACA66; SCARNA11; SCARNA16; SCARNA1; SCARNA4; SCARNA23; SCARNA22


  • Aksomics使用Arraystar的芯片為客戶提供服務,以下為相關資料:


    產品說明書:  adobe_pdf_small Manual_nrStar?_Human_snoRNA_PCR_Array_v1.01

    分析工具: excelAnalysis Tool for nrStar? Human snoRNA PCR Array

    分析工具說明書:adobe_pdf_small Instructions of snoRNA qPCR data analysis tool