三分排列3

NuRNA? Epitranscriptomics PCR芯片(H)

  • 產品簡介
  • 產品設計背景
  • 數據庫
  • 實驗流程
  • 說明書
  • 產品列表

    芯片 貨號 規格 描述
    NuRNA? Human Epitranscriptomics PCR Array AS-NM-003-1 384 (4x96)-well plate 同時檢測89個已知的或潛在的表觀轉錄修飾相關蛋白
    NuRNA? Human Epitranscriptomics PCR Array (Roche Light Cycler 480) AS-NM-003-1-R 384 (4x96)-well plate



    產品特點


    ? 覆蓋度廣—覆蓋了所有目前已知的表觀轉錄修飾相關蛋白

    ? 轉錄本水平檢測—檢測編碼Uniprot經典蛋白的轉錄本

    ? 嚴謹性強—所有引物都通過了多樣本嚴格驗證

    ? 快速簡易—即用型384孔板規格,只需將cDNA與qPCR Master Mix混合試劑加入PCR板中,4小時內得到實驗結果。cDNA無需預先擴增。


    為保證NuRNA? Human Epitranscriptomics PCR芯片最佳的實驗效果,建議配套使用Arraystar rtStar? First-Strand cDNA Synthesis Kit  (AS-FS-001)Arraystar SYBR? Green Real-time qPCR Master Mix

  •       近年來,RNA修飾所介導的基因表達調控不斷取得突破性進展,直接導致了表觀轉錄組學(Epitranscriptomics)的誕生。最新研究發現,m6A、m5C、m1A、hm5C、甲尿嘧啶(ψ)與肌苷(I)等多種表觀轉錄修飾存在于mRNA上,影響mRNA的代謝與功能[1],是一種重要的基因表達調控方式(圖1)。這些表觀轉錄組修飾由特定的酶添加(Writer)或去除(Eraser),可被特定的蛋白識別(Reader)。表觀轉錄修飾水平的異常,以及相關酶或蛋白的異常,與許多疾病的發生緊密關聯。
          m6A是真核生物mRNA上含量最豐富的表觀轉錄修飾,參與調控mRNA的二級結構、剪切、成熟、細胞定位與翻譯等過程。m6A由甲基轉移酶復合物(包含METTL3,METTL14,WTAP,KIAA1429,RBM15,RBM15B)催化產生,可被去甲基化酶ALKBH5或FTO去除。目前已發現了多種特異性識別m6A位點的蛋白或復合物,包括YTH家族蛋白(YTHDF1-3,YTHDC1)、轉錄起始復合物eIF3、核糖核蛋白(HNRNPA2B1,HNRNPC)以及RNA結合蛋白SRSF2(表1)。m6A的動態調控在減數分裂與細胞多潛能分化等過程中發揮著重要作用[3]。與正常組織相比,腫瘤干細胞中的m6A修飾水平顯著升高。高水平的m6A增強了多個關鍵腫瘤基因的蛋白表達,從而促進腫瘤干細胞的增殖與腫瘤的發生發展,且常與不良預后有關。此外,METTL3[4]、FTO[2]及ALKBH5[5]等表觀轉錄相關蛋白因子在腫瘤的發生發展中也發揮著關鍵性作用。在病毒RNA上也檢測到了m6A修飾,其與病毒感染及復制有關。

          顯而易見,表觀轉錄修飾與表觀轉錄修飾相關蛋白在基因表達調控中發揮著至關重要的作用。然而,目前對其研究才剛剛起步。為了幫助研究人員更方便快捷的進行表觀轉錄組學研究,Arraystar開發了市場上首款檢測表觀轉錄修飾相關蛋白因子的PCR芯片。此款芯片可同時檢測89個已知的或潛在的表觀轉錄修飾相關蛋白,是表觀轉錄研究的強有力工具。

     

    圖1.mRNA表觀轉錄修飾及其生物學功能。



    m6A m5C I ψ m1A
    Writers KIAA1429, METTL3, METTL4, METTL14, RBM15, RBM15B, WTAP NSUN2, TRDMT1 ADAR, ADARB1, ADARB2 DKC1, PUS1, PUS3, PUS7, TRUB1 None identified

    Erasers

    ALKBH5, FTO TET1, TET2, TET3 None identified None identified ALKBH1, ALKBH3
    Readers YTH Family, eIF3 complex, HNRNPA2B1, HNRNPC, SRSF2 None identified None identified None identified None identified

    表1. 已發現的人屬mRNA修飾酶(writer)、去修飾酶(Eraser)和修飾識別蛋白(Reader)。


    參考文獻
    1. Gilbert, W.V., et al. (2016). Messenger RNA modifications: Form, distribution, and function. Science 352, 1408-1412, PMID:27313037.
    2. Iles, M.M., et al. (2013). A variant in FTO shows association with melanoma risk not due to BMI. Nature genetics 45, 428-432, 432e421, PMID:23455637.
    3. Klungland, A., et al. (2016). Reversible RNA modifications in meiosis and pluripotency. Nature methods 14, 18-22, PMID:28032624.
    4. Lin, S., et al. (2016). The m(6)A Methyltransferase METTL3 Promotes Translation in Human Cancer Cells. Molecular cell 62, 335-345, PMID:27117702.
    5. Zhang, C., et al. (2016). Hypoxia induces the breast cancer stem cell phenotype by HIF-dependent and ALKBH5-mediated m(6)A-demethylation of NANOG mRNA. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 113, E2047-2056, PMID:27001847.

  • 表觀轉錄修飾相關蛋白檢測列表

    m6A

    Writers: KIAA1429, METTL14, METTL3, METTL4, RBM15, RBM15B, WTAP

    Readers: DGCR8, EIF3A, EIF3B, ELAVL1, HNRNPA2, HNRNPB1, HNRNPC1, HNRNPC2, SRSF2, YTHDC1, YTHDC2, YTHDF1, YTHDF2, YTHDF3

    Erasers: ALKBH5, FTO

    m1A

    Writers: HSD17B10, KIAA0391, TRMT10C, TRMT6, TRMT61A, TRMT61B

    Erasers: ALKBH1, ALKBH3

    m5C

    Writers: DNMT1 , DNMT3A, DNMT3B, DNMT3L, NOP2, NSUN2, NSUN3, NSUN4, NSUN5, TRDMT1

    Readers: MECP2, UHRF1

    Erasers: TET1, TET2, TET3

    hm5C

    Writers: TET1, TET2, TET3

    Readers: CHTOP, EGR1, ERH, HMCES, MEP50, MGME1, NEIL1, PRMT1, PRMT5, SMUG1, TDG, THYN1, WDR76, WT1

    Inosine

    Writers: ADAD1, ADAD2, ADAR, ADARB1, ADARB2, ADAT1, ADAT2, ADAT3

    Pseudouridine

    Writers: DKC1, GAR1, NAF1, NHP2, NOP10, PUS1, PUS10, PUS3, PUS7, PUS7L, PUSL1, RPUSD1, RPUSD2, RPUSD3, RPUSD4, TRUB1, TRUB2

    Other modifications (m7G)

    CMTR1, CMTR2, RNGTT, RNMT

  • 適用的PCR儀

    ABI ViiA? 7

    ABI 7500 & ABI 7500 FAST

    ABI 7900HT

    ABI QuantStudio? 6 Flex Real-Time PCR system

    ABI QuantStudio? 7 Flex Real-Time PCR system

    ABI QuantStudio? 12K Flex Real-Time PCR System

    Bio-Rad CFX384

    Bio-Rad iCycler & iQ Real-Time PCR Systems

    Eppendorf Realplex

    QIAGEN Rotor Gene Q 100

    Roche Light Cycler 480

    Stratagene Mx3000

    Roche Light Cycler 480

  • Aksomics使用Arraystar的芯片為客戶提供服務,以下為相關資料:

    產品說明書:adobe_pdf_smallManual_NuRNA?_Human_Epitranscriptomics_PCR_Array_v1.02

    分析工具:excelAnalysis Tool for NuRNA? Human Epitranscriptomics PCR Array_v1.0